я конечно не мегаспециалист в яве, но учитывая что над имеющейся сборкой я работаю уже дай бог памяти лет пять-шесть (если не больше) и по сути весь код был уже не раз чуть ли не полностью перелопачен - вероятность того что там есть какие-то специально заложенные дыры, да и вобще критические проблемы - стремится к 0.
К тому же у нас не сервер-однодневка с онлайном в пару человек, переоткрывающийся каждые пару недель, а вполне себе работающий уже лет 15 сервер без единого вайпа и закрытия/переоткрытия (мы с С1 если что еще начинали) - и уж точно бы всякие проблемы с безопасностью и возможностью что-то сделать с сервером или как-то нажиться на недоработках бы всплыли уже давно.
Вобще у тебя какая-то нездоровая паранойя на тему "как страшно жить - везде бэкдоры"...