Все слишком ситуативно, какого-то общего гайда тут нельзя запилить. В целом можно чекать патчноуты команды, и бережно переносить себе их наработки, пытаться не сломать то, что самостоятельно было допилено/переделано. Но это же может касаться и БД, и Ядра, и дата пака, и чего угодно. Заменить ядро, часто, будет достаточной мерой, однако, если у Вас там свои допилы, то придется не просто заменять, а переносить свои напилы в новое ядро, либо наработки разрабов в свои напилы. Но это все касается тех случаев, когда есть сурсы, и разрабы их предоставляют, если же нет, и имеете дело с компилом - то там все куда проще, заменяете ядро каждый раз, и, скорее всего, на этом все. Датапак, конфиги и БД обновить - совсем не проблема, но, мне кажется, это довольно редкие случаи, скорее там будут обновки какие-то, чем перепилы, потому даже если там много кастома, то достаточно будет добавить нововведения и все.