В общем в JTS алгоритм шифрования - PBKDF2WithHmacSHA1, а в Ghtweb просто sha1. Поэтому после входа через LS пароль меняется с зашифрованным алгоритмом PBKDF2WithHmacSHA1 и нельзя войти через Ghtweb. Решение: переписать алгоритм регистрации, авторизации и восстановления пароля в Ghtweb или можно переписать авторизацию в JTS, если есть исходники