@MayMunKa
.jar - собственно говоря ява приложение, которое выполняет всю работу по установке БД
.exe - некая обвертка, которая под капотом запускает этот jar файл, для удобства пользователя.
Т.е Database_Installer_GS.exe запускает Database_Installer_GS.jar
По поводу компиляции - в репозитириях мобиуса есть файл, который называеться "build.xml" это т.н ant-билд файл,, который используется одноименной утилитой "ant" для сборки приложения, и для простой "компиляции" и упаковки достаточно иметь установленый на ПК ant и запустить его из папки где расположен build.xml (там уже прописаны все нужные инструкции)
Более удобный способ - использовать современные IDE, например IntelliJ IDEA, с ей помощью удобно редатировать код, запускать приложение, компилиировать, упаковывать, запускать ant сборку итд итп