Пришлось развернуть чистую базу и запустить на ней этот же сервер с теми же конфигами, проблема ушла, т.е. дело оказалось не в конфигах.
Соответственно, начал по одной чистить таблицы в базе методом тыка и после чистки каждой таблицы перезапускать сервер.
Через несколько часов выяснилось, что все проблемы пропали после очистки таблицы server_data. Хотя на первый взгляд ее содержимое не вызывало подозрений.
В общем, перезалил эту таблицу их установщика базы и все стало норм (ну кроме того, что часть статистики похерилась, но это уже не важно.)
Проблему решил полной очисткой таблицы server_data и заливкой ее из исходного sql для сервера.