Circalover, к сожалению, я не знаю, как решить Вашу проблему, я еще новичок и не сталкивался с таким. А вопрос вовсе не глупый, и интересный и полезный. )
Что касается альфа-каналов - это актуально, если сохраняете иконки в форматах TGA или BPM (чтобы в дальнейшем конвертировать их в DDS), второй метод, кажется, считается устаревшим, и я понимаю, почему.
Создаются же они в ФШ во вкладке "каналы", вот, например, с моих последних колупаний:
Закрашенное черным будет прозрачным, белым - оставит изображение. Можно играться с настройками прозрачности, красить разными кистями, и тд. Сохраняю я просто в формате либо TGA 32 бит, либо в DDS сразу, там никаких альфа-каналов водить не нужно. Из настроек я меняю только две конфигурации, все нащупал методом тыка, и на адекватность настроек не претендую, но работать должно.
Но почему иконки становятся прозрачными при перетаскивании - без понятия, увы.