Вы смешали все в одну кучу. Компилятор (в ява) это javac (Java Compiler) - программа которая преобразовует ява-код в байт-код соответсвующий спецификации JVM.
То "что" появлялось у вас на рабочем столе - это скорее всего собраное ява приложение в пакет .jar + непобходимые зависимости, этим занимался сброщик, который автоматизирует всю работу, запускает компилятор, берет байт код, запаковует файлы и т.д.
В большенстве случаев, команды разработчиков, используют ant (наверное по привычке, или по не желанию использовать аналоги) - утилита позволяющая собирать ява приложение, приложение так же можно собрать с помощью других утилит, например maven, gradle или с помощью внутрених средств IDE типа eclipse или IntelliJ IDEA
Мобиус на сколько я помню предоставляет build.xml для сброки приложения с помощью ant, выполнение которого можно запустить командой
ant -buildfile путь\к\вашему\файлу\build.xml
Или просто
ant
В дерриктории в которой есть build.xml
ant сооветсвенно должен быть установлен на пашем ПК